Aquesta anomalia pot provocar una disminució de la fertilitat o la pèrdua total si és criptorquídia bilateral. Com que els testicles no descendeixen i romanen a la cavitat abdominal o al canal inguinal, la temperatura on s'allotgen és superior a la necessària perquè tingui lloc el correcte desenvolupament de l'espermatogènesi, la producció dels espermatozoides. Això pot causar la mort de les cèl·lules germinals i, per consegüent, un ejaculat sense espermatozoides o amb la concentració d'aquests alterada.
Generalment, la cirurgia realitzada a una edat primerenca solucionaria el problema de la fertilitat, ja que un cop els testicles s'allotgin a l'escrot i romanguin a la temperatura adequada, reprendran la seva funció. També se sap que la cirurgia precoç pot disminuir el risc de tumors testiculars, sobretot per a aquelles criptorquídies en què la localització dels testicles és intraabdominal.
