Les transferències d'embrions congelats es poden fer tant en un cicle natural com en un de substituït. En el cas del cicle natural, s'aprofiten les hormones naturals del cicle menstrual de la pacient i es controla mitjançant ecografies l'evolució del fol·licle i de l'endometri, sense administrar cap medicació. Un cop ha ocorregut l'ovulació (alliberament de l'òvul madur), s'inicia un tractament amb progesterona.
En els cicles substituïts, s'administren estrògens per preparar l'endometri, ja sigui en forma de pegats o de pastilles. Quan s'observa mitjançant ecografia que l'endometri està preparat, s'administra progesterona.
Es farà d'una manera o altra depenent de les característiques de cada pacient: si té cicle menstrual, resultats dels cicles previs... A més, també hi pot haver variacions en aquestes pautes de tractament que hem comentat, com administrar anàlegs de la GnRH, per exemple.
