L'estimulació ovàrica és una fase crucial per a un tractament de FIV. El seu objectiu és aconseguir el desenvolupament de múltiples fol·licles ovàrics.
Existeixen diferents protocols d'actuació, però en qualsevol cas, l'estimulació ovàrica ha d'estar personalitzada a cada pacient.
D'una banda, està el protocol curt d'estimulació ovàrica on la pacient començarà a administrar-se la medicació una vegada que li ha arribat la regla. En canvi, en el protocol llarg, la pacient s'administrarà major dosi de medicació hormonal perquè començarà els dies previs a la regla.
Una altra de les diferències entre aquestes dues formes d'estimulació ovàrica radica en la mena de fàrmacs. En el cas dels protocols llargs, se sol recórrer a antagonistes de la GnRh; mentre que en els protocols curts s'utilitzen agonistas de l'hormona GnRh.